醫學系目前有護理、臨床醫學、醫學檢驗技術、醫學影像技術、藥學5個高職專業。有護理、藥劑、醫學檢驗技術、助產、農村醫學、醫學影像技術6個中職專業。

校區占地8.3萬㎡，建築面積52802.68㎡。實訓室60間，實訓工位1840個，有總面積為800㎡的人體生命科學館一座和校企合作全疆連鎖藥店一家。

現有教職工161。其中，專業技術崗146人，專業技術崗中專任教師118人，專業教師87人，雙師型教師54人，高級19人（正高1人，副高18人），中級29人，援疆教師5人。

現有學生4344人，其中高職2189人，中職2155人。

2018年、2019年榮獲自治區職業院校護理技能大賽團體一等獎。2020年參加自治區“三區三洲”鄉村振興新疆區預選賽包攬養老護理員、育嬰員兩個賽項全部一、二、三等獎。系部榮獲優秀組織獎。2021年獲得“1+X職業技能等級證書優秀試點院校”稱號。2022年參加新疆維吾爾自治區首屆職業技能大賽，20名師生包攬兩個項目一、二、三等獎，天美獲得優秀組織獎，護理教研室榮獲“喀什地區最美勞動者集體稱號”，《外科學》課程團隊獲得自治區職業院校技能大賽教學能力比賽三等獎。醫學系第一黨支部被評為喀什地區“五好黨支部”。2023年參加自治區技能大賽，中職護理組教師獲得個人賽二等獎和學生獲團體三等獎；高職護理組獲得自治區技能大賽團體賽三等獎。